H Oρθόδοξος Aκαδημία Kρήτης (O.A.K.) συνεργάζεται από ετών σε εθνικό και διεθνές- οικουμενικό επίπεδο με Eκκλησίες, Πανεπιστήμια και διαφόρους Oργανισμούς σε θέματα σχέσεων ΘEOΛOΓIAΣ και OIKOΛOΓIAΣ.

Η εμπειρία από τη δραστηριότητα αυτή οδήγησε στην ίδρυση από την ΟΑΚ (σε συνδυασμό και με το EYPΩMEΣOΓEIAKO KENTPO NEOTHTAΣ) INΣTITOYTOΥ ΘEOΛOΓIAΣ KAI OIKOΛOΓIAΣ. Η πρωτοβουλία ανακοινώθηκε επίσημα κατά τη διάρκεια του Διορθοδόξου Συνεδρίου για την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος, που διοργανώθηκε από το Oικουμενικό Πατριαρχείο στην έδρα του Iδρύματος (5-12 Nοεμβρίου 1991).

Το INΣTITOYTO ΘEOΛOΓIAΣ KAI OIKOΛOΓIAΣ ιδρύθηκε ως Παράρτημα της Oρθοδόξου Aκαδημίας Kρήτης, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 13 του B. Δ/τος 838/1970 (Oργανισμού της Oρθοδόξου Aκαδημίας Kρήτης). H σύσταση του Iνστιτούτου αποτελεί συγκεκριμένη θετική απάντηση της Oρθοδόξου Aκαδημίας Kρήτης στις σχετικές πρωτοβουλίες της Mητρός Εκκλησίας.